Daniel Auner unterrichtet sein vielen Jahren an Wiener Konservatorien Studentinnen und Studenten aus aller Welt. Momentan arbeitet er als Dozent für Violine, Viola und Kammermusik an der "Friedrich Gulda School od Music" in Wien - einem Teil der Jamlab Private University, wo er auch Leiter der Streicherabteilung ist . Die Studentinnen und Studenten werden dort intensiv betreut, erhalten zumindest 90 Minuten Hauptfachunterricht pro Woche und schließen das Studium mit einem Master-Titel ab.
 

Außerdem unterrichtet er seit 2024an der Sommerakademie der Universität Mozarteum Salzburg eine eigene Violin-Klasse und ist seit 2020 Vorstandsmitglied der internationalen Fritz Kreisler Gesellschaft Wien, die zusammen mit Prof. Michael Frischenschlager, ehemaliger Rektor der Universität für Musik und darstellende Kunst Wien, den Fritz Kreisler Wettbewerb  organisiert.

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